90年度の熾烈な会長選の結果、猛虎女帝くん（京都府）が会長の座を掴み取り、Ｐ学史上初の女子生徒会長の誕生となった。
しかし、理事長とその子分的存在のＭ組の仕業により、人質ゲストになってしまう。彼らはこれを元に全Ｐ学生を脅迫し、Ｐ学を乗っ取ろうと企んでいた。だが捕らわれてから３ヵ月後の12月13日（487回）、ゲンドン君（大阪府）の手によって救出され、理事長たちの野望は打ち砕かれたのである。
QD（九州同盟）の中心人物であった夜霧君と彼の手下役の夕霧君（ともに鹿児島県）が、この年の10月４日に（477回）に引退した。
この引退発表文の中で、夜霧・夕霧は同一人物で投稿を続けていたことを彼自身から公表。これには驚きの声があったが、前々から同一人物だと思っていた意見もあり、反応は様々であった。
1988（昭和63）年９月15日（374回）。この回のDDで伊沢浩樹くん（山梨県）が３５個の解答を送ったのをきっかけに多数解答が流行した。特にこの年は牙沢ジョー君（大阪府）が100個の解答を送るなど、流行熱は上がる一方であった。
この年から実行委員のメンバーも登場し、彼らのまとめ役である委員長にはキグナス君（滋賀県）が就任した。またこの年から２週にわたって行われた。第２回の内容は下記の通り。
DD 白黒反転DD（１・２週目）
HR 東西障害物大決戦（第１週目）、大仮装パフォーマンス（第２週目）
ひろば 『私にとってのＰ学』の意見交換
５月31日（459回）のHRで、校舎建設を開催。全Ｐ学生の手によって建てられた校舎は瞳くん（長野県）の祝砲によってあっけなく壊された。
牙沢ジョー君と牧伸二君（兵庫県）の２人が、江戸川みーめくん（大阪府）をめぐって熾烈な争奪戦を繰り広げた。しかし、当のみーめくんはそんな彼らのやりとりを第三者風なセリフで返すだけで、結局勝負がつかないまま終わったのである。
軍団・集団の活動によるHRのマンネリ化に不満を持っていた中村主水君（後のＤ万隆龍→たか龍β・東京都）が、６月14日（461回）の紙面でその不満を爆発。『軍団・集団の解散、個人攻撃の促進』を彼独特の歯に衣着せぬ文章で訴えた。この過激発言に多くのＰ学生たちの反論・意見が載り、その模様はベテラン常連と新人・中堅Ｐ学生たちとの世代の食い違いを感じさせた。
この年の４月から連載マンガ『ぎゃくてんデジタル組』（ルパン三世でお馴染みのモンキー・パンチの作品。）がスタート。それにより今まで４・５面完全見開きのスペースが、３・４面が２分の１・５面が１ページ分に変更され、読む側にとってはちょっと見づらい紙面構成であった。
「どたどたどた〜」で暴れ役のイメージを定着させた玉姫くん（静岡県）が、この年ではアイドルスターに変身した。とは言っても暴れ回ることに変わりはなかったが…。
ベスト10圏内に入った校舎建設の他にも、テーマHRが開催された。その内容は下記の通り。
６月28日（463回） Ｐ学七不思議特集
８月２日（468回） 海水浴
８月３０日（472回） ガマン大会